حجت الاسلام شجونی چندی قبل در جمع اعضای فعال جامعه اسلامی دانشجویان در همایش سیاسی گفتمان پیشرفت اسلامی با بیان اینکه ولایت فقیه ریشه قرآنی دارد، گفت: اگر امام(ره) همه آن سختی ها را تحمل می کند به این خاطر است که اطمینان دارد خدا با اوست و حرکتش درست است.

وی در پاسخ به پرسشی درباره شخصیت موسوی خوئینی ها گفت که آیت الله مطهری معتقد بود که این شخص کمونیست است. موسوی خوئنی ها آدم بسیار نابابی است و چشم دیدن رهبری را هم ندارد.

شجونی در جواب سوالی مبنی بر اینکه آیا اختلافی بین آیت الله سیستانی ومقام معظم رهبری وجود دارد، تصریح کرد: خیر، چنین اخباری صحت ندارد و آیت الله سیستانی بارها ابراز کرده که من پزشک عمومی هستم و اقای خامنه ای پزشک متخصص. در مسائل مهم به ایشان رجوع کنید.

وی در پاسخ به سوالی راجع به شریعتی نیز اظهار داشت که حرفهایی که از بی دینی شریعتی زده می شود ، دروغ محض است و شریعتی آدم متدینی بود، کتاب های خوبی داشت،اما اشتباهاتی هم داشت که خود شریعتی هم به آن ها اذعان کرده بود.